升上成棒的林琨瀚，挑戰國際賽的機會更多，難忘超過一個月遠征中南美洲，並且成為巴塞隆納奧運銀牌軍，加入職棒成為三商虎隊球星，出現跳槽台灣大聯盟的驚人轉折。
林琨瀚從美和中學畢業時，同屆14位同學，有13人去念文化大學，只有徐整隆跟隨哥哥徐整當去念輔大。大一時，味全還有贊助球隊，升上大二就由美孚巨人接手。
林琨瀚說：「升上大學的目標，就是選上國手。」1989年他念大三時，選上奧運培訓第二隊，去中南美洲訪問比賽，總教練是李瑞麟，全隊到屏東美和中學集訓，住在教職員宿舍。
那年6月4日大陸爆發天安門事件，林琨瀚說：「我們還擔心出不了國，7月還是如期去打多明尼加棒球賽，那趟中南美洲之行，一去就是一個多月，幾乎都是在機場與球場之間移動，不斷的搬運球具與行李。」
他說，當時去了哥倫比亞、委內瑞拉、哥斯大黎加、宏都拉斯與薩爾瓦多等國。「當時薩爾瓦多還在內戰中，原本沒有排行程，他們知道中華棒球隊來中南美洲訪問比賽，就向外交部反映，說他們就在宏都拉斯的隔壁，希望能安排中華隊過去，結果一到機場，來接機的車子前後，都有警衛持槍隨行，警戒森嚴。」
林琨瀚說，最誇張的是在下午比賽過程，「不時會看到遠處有黑煙竄起，甚至有放鞭砲的聲音，後來才知道黑煙是車子被炸，鞭砲聲是槍戰，連晚上受邀去官邸吃飯，不時會聽到轟隆的聲音，聽說是酒吧被炸了，他們還帶我們去觀看爆炸後的現場，令人印象深刻。」
在成棒國手的歷練過程，林琨瀚在1991年加入奧運培訓陣容，參加洲際盃與亞洲賽，並且在1992年6月30日中華棒協選訓會議中，確定成為進軍巴塞隆納奧運的最後名單。
聊到在左營集訓的生活，林琨瀚說，生活中只有棒 球，從早到晚的練球，內容排得滿滿的，印象最深的是教練團在每天訓練前的精神講話，大約一個小時，總教練李來發會用台語向大家表達約半個小時，內容無非是為了國家民族，棒球一定要打出名聲，接著是投手教練高英傑說半個小時，另兩位教練林華韋與楊賢銘說個5分鐘吧。
他很佩服李來發的以身作則，連盜壘都會親自上場示範，也帶給大家很多不一樣的棒球觀念，過程很辛苦，卻是有收穫的。
中華隊在巴塞隆納奧運喜摘銀牌，對林琨瀚也是棒球生涯最難忘的時刻，只是他並沒有和大多數隊友一起，返國後隨著時報鷹與俊國熊投入中華職棒4年賽事，而是回到期待加入職棒但落空的聲寶巨人隊，隔年才成為職棒新鮮人。
身為奧運銀牌軍的一員，林琨瀚自然受到職棒元老球隊的青睞，想以「特考」名額爭取加盟。他說，最早約見面的是兄弟象隊，開出月薪8萬元與簽約金80萬元價碼，「只是球團領隊洪瑞河提到找了洋將路易士，剛好也是守三壘，和我的守備位置重疊，感覺對於爭取我，不是那麼有誠意。」
隨後味全龍與三商虎都來連繫，時任三商領隊陳君毅約了林琨瀚與太太朱彩鳳一起到家裡吃飯，知道兄弟開出簽約金80萬元，陳君毅問林琨瀚想要多少？朱彩鳳說了一句，「領隊覺得琨瀚的價值在哪裡？」
林琨瀚說，陳領隊說要回去請示老闆，約好隔天下午在三商總公司附近的飯店見面時，他拿出兩張Memo列出草約內容，敲定加盟價碼，月薪是比照前一年奧運國手的12萬元，再加碼3萬元，簽約金在檯面上是120萬元，私下再給130萬元，展現十足的誠意。最終林琨瀚以簽約金250萬元與月薪15萬元，成為三商虎隊特考名單，並且在職棒5年開啟職棒生涯。
會選擇加盟三商虎隊，除了薪水待遇之外，林琨瀚表示有評估過上場機會，「如果去了兄弟或是味全，機會並不大，剛好三商的本土球員年紀偏長，自己比較有發展空間。」
只是計畫趕不上變化，林琨瀚沒想到春訓期間，當時的副領隊林健雄跟他說：「日籍總教練宅和（本司）要把你調守游擊區，你有沒有守過？」林琨瀚當下很傻眼，「我從少棒開始，幾乎都是以三壘手為主，只在大學畢業前有一場比賽擔任游擊手，只有那麼一場，結果卻很慘痛，我到二壘去接捕手的牽制球，卻被跑者的釘鞋踩到手。」
聊到突然被調守游擊區的決定，林琨瀚說：「宅和想要建構本土中線，也可能是對鷹俠有意見吧，我是剛加入的菜鳥，就是聽從教練團的指示。」
只是這個本土中線的說法沒有完全落實，「我搭配的二壘手是洋將康雷，也不是像教練團要求的完全本土中線。」
對林琨瀚來說，從三壘手改任游擊手的差別，就是單季90場比賽共出現28次失誤。「擔任三壘手很單純，就是顧好自己的壘包，出任游擊手的事情就多了，得注意捕手往二壘的牽制與補位，還得處理外野手的回傳球。」
他坦言，「加入職棒的第一年，比賽壓力好大，擔心失誤多，擔心打不好；老婆看我繃得很緊，比賽後回家的臉色很難看，就跟我說，大不了不要打了，把簽約金退還給球團。」
老婆的豪氣，讓林琨瀚稍微把壓力放鬆，「彩鳳也是運動員出身，很了解我在球場上面對的挑戰與壓力。」
撐過了前兩年，林琨瀚表現漸入佳境，不僅成為虎隊本土球星，他在1998年重回三壘手位置，繳出生涯年成績，年度打擊率首次突破3成，相繼獲選單月MVP，年度三壘手金手套獎，連2年入選明星賽，並且在曼谷亞運開放職棒球員時，獲選中華代表隊。
令人意外的是，他在1999年開季前，選擇離開三商虎隊，跳槽台灣大聯盟。針對這個重大轉折，林琨瀚表示，球隊涉賭傳聞多是其一，另一個就是領隊言而無信，談薪過程很不愉快。